技能的使用限制主要体现在技能的使用次数（PP值）上。每个技能都有固定的PP值，代表可以使用的次数，用完后需要恢复才能继续使用。PP值可以通过道具或宝可梦中心恢复，但战斗中一旦耗尽，就无法再使用该技能。部分技能属于隐藏机器（HM）或技能机器（TM），学习后无法轻易忘记，需要特定NPC帮忙删除。
如果技能属性被对手抵抗或免疫，伤害会大幅降低甚至无效。比如幽灵系技能对普通系宝可梦完全无效，而火系技能对水系宝可梦效果不佳。在配招时要考虑属性覆盖，避免被对手完全克制。某些技能有命中率的限制，即使威力再高，如果命中率低，也可能在关键时刻失效。
宝可梦通过升级学到的技能通常有限，而TM和HM技能则需要找到对应的道具才能学习。部分技能只能通过特定NPC教学或遗传获得，比如剑舞和鼓腹等强力技能，获取难度较高。宝可梦的技能栏只有四个位置，一旦学满就必须遗忘旧技能才能学习新技能，所以需要谨慎选择保留哪些技能。
战斗中的技能使用还受到状态异常的影响。比如宝可梦陷入睡眠或冰冻状态时，无法使用任何技能；混乱状态可能导致技能反伤自己；麻痹状态会降低速度并有一定几率让技能使用失败。这些状态异常会打乱战斗节奏，因此需要提前准备解状态的道具或技能来应对。
比如飞翔和冲浪等HM技能在室内或洞穴中会被限制，而挖洞在部分战斗场景中也会失效。某些技能需要蓄力一回合，期间可能被对手打断或反击。在实战中要灵活调整策略，避免因为技能限制而陷入被动。
