疯狂动物园的抓捕机制基于等级解锁、地形触发和操作技巧三大核心要素。玩家需要先通过饲养普通动物积累经验提升等级，才能解锁稀有动物的出现权限，比如狮子这类顶级捕食者需在达到一定等级后才会在草地或森林区域刷新。同时游戏内不同动物有严格的栖息地划分，例如驼鹿仅出现在寒冷山脉区域，而哥布林猪则活跃于特定地形中，这种设计迫使玩家必须掌握地图切换技巧才能提高遇见目标动物的概率。
抓捕过程高度依赖实时反应与精准操作。当接近目标动物时，它们会表现出独特的逃脱行为模式，比如狮子会突然跃起并改变奔跑路线，驼鹿则有普通形态和加速形态的切换。玩家需要在动物进入可捕捉状态时（如狮子跃起后的落地瞬间或驼鹿结束冲锋时）快速完成跳跃骑乘动作，随后通过长按屏幕维持驯服进度条。失败通常源于时机判断错误或地形障碍干扰，例如水域中的鳄鱼突袭或森林区域的树木碰撞都可能中断抓捕流程。
稀有动物往往附带更复杂的触发条件。部分隐藏品种如暗黑野牛要求骑乘同种动物连续行进800米，而特洛伊斑马需在草原连续换乘7种不同动物才会出现。这些特殊机制要求玩家在基础操作之外，还需针对性制定策略，比如携带减速类宠物应对高速目标，或利用诱饵吸引特定动物。夜间、清晨等时间段也会影响某些动物的刷新率，比如雄鸡鳄在凌晨出现概率显著提升。
最终成功抓捕的动物会被送往空中动物园进行饲养管理。每只动物根据稀有度会带来不同等级的游客收益，但它们的实用价值不仅限于经营层面。许多动物具备独特的骑乘技能，如鳄鱼的水域加速或河马的冲撞能力，这些特性反过来又能帮助玩家更高效地完成后续抓捕任务。游戏通过这种循环设计将跑酷玩法与模拟经营有机结合，形成持续的正向反馈。
