精灵蛋的孵化机制基于步数计算，不同种类的蛋需要行走特定步数才能孵化。将蛋放入队伍后，通过行走、跑步或骑自行车均可累计步数，骑自行车能显著提升效率。队伍中存在具有火焰身躯或熔岩装甲特性的宝可梦时，孵化所需步数会减半，这类特性常见于鸭嘴火龙、蜗牛等火系或岩石系宝可梦。孵化过程中蛋会经历发出声音和蛋壳破裂两个阶段提示进度。
获取精灵蛋的主要途径是通过培育屋交配。位于紫堇市左侧的培育屋接受同蛋组且性别不同的两只宝可梦寄养，满足条件后与门口老爷爷对话即可获得蛋。蛋组是隐藏属性，需查阅相关资料确认，例如妙蛙花与喷火龙同属怪兽组可交配。部分特殊宝可梦如超梦属于未发现组无法繁殖，而百变怪可与绝大多数宝可梦交配，是理想的通用繁殖对象。培育屋会持续产蛋直至玩家取走宝可梦，需支付少量培养费用。
使用自行车在直线道路如自行车道往返移动是最效率的步数积累方式，火焰身躯特性的宝可梦必须处于队伍首位才能激活步数减半效果。游戏内没有直观的步数计数器，但通过观察蛋的状态变化可判断进度，当蛋开始摇晃时说明即将孵化。若携带多个蛋，系统会优先孵化步数累计最多的那个。
孵化后的宝可梦会继承父母部分遗传特征。子代必定与母方同种类，除非父方为百变怪。性格有概率遗传自携带不变石的一方，个体值则通过红线道具在父母12项属性中随机继承5项。这些机制使得通过反复孵蛋可以获得更优质的后代，但需注意基础种族的个体值上限。刚孵化的宝可梦初始亲密度较高，这对需要亲密度进化的种类具有优势。
实际操作中建议建立系统化的孵蛋流程。首先确定目标宝可梦的蛋组和理想性格，准备对应特性的种马；其次规划高效的移动路线，推荐紫堇市自行车道；最后批量孵化并通过鉴定NPC评估子代质量。虽然该过程耗时较长，但能获得个体值、特性、技能组合更优秀的战斗单位。部分特殊技能只能通过遗传获得，这需要深入研究技能遗传链。
