舰船搭配的核心在于理解不同类型舰船的定位与功能互补性。游戏中的舰船按作战功能可分为前排抗伤型、中排输出型、后排支援型以及特殊功能型。前排舰船如奇美拉基础型或ST59需要承担主要伤害，中排舰船如永恒风暴或红宝石离子炮型负责火力输出，后排则配置谷神星支援型等维修舰或载机母舰。移动速度是常被忽视的关键属性，舰队整体速度由最慢舰船决定，高速护卫舰（800+移速）与龟速战巡（250移速）混编会极大限制战术机动性。
武器系统的克制关系直接影响实战效果。能量武器如斗牛级脉冲炮能无视护甲造成真实伤害，对装甲型战舰有显著克制作用；防空型舰船需根据敌方舰载机数量动态调整，光锥级防空无人机等区域防空单位能有效保护舰队。每艘舰船的攻击序列决定其优先目标，例如红宝石级对驱逐舰的针对性打击可快速清除敌方前排。技术点的分配需遵循专精原则，同一蓝图下的子型号共享技能点，洗点虽能全额返还但会消耗战略资源。
资源管理与战略部署是长期发展的基础。工程舰应优先配备仓库模块提升采集效率，中型工程舰搭配721载货型能显著减少往返时间。采矿平台在基地四级后成为关键设施，选择高资源密度区域建立前哨站可稳定中后期发展。指挥值限制要求合理分配舰船人口，过度依赖高消耗战巡会导致舰队规模不足，建议保持战巡与中小型舰船的比例平衡。
主力舰队建议配置6艘以上能抗能打的前排舰船，配合高攻巡洋舰形成推进核心；高速输出队则以雷利亚特隐身型等机动单位为主，利用包夹机制绕过敌方前排直接打击中后排。攻城舰船需单独编组为拆迁队，诺玛M470等单位对建筑有特效。维修舰在对抗NPC时效果显著，但PVP中治疗量往往跟不上爆发伤害，可替换为额外输出单位。
舰船强度并非绝对标准，子型号差异可能彻底改变定位。星云追逐者基础型性能平庸，但其脉冲炮子型号却能媲美顶级护航艇；谷神星级载机型表现平平，而支援型子型号却是最强治疗单位。蓝图研究应优先锁定关键子型号，非主力舰船的技术点可暂时保留。稀有舰船如太阳鲸航母需搭配13架蜂巢护航艇才能完全发挥战力，否则仅能作为肉盾使用。
