舰队组织的核心在于明确功能定位与战术需求。首先需区分资源采集舰队与战斗舰队，两者独立计算人口且不可混用。资源舰队建议优先建造大型工程船，因其采集效率最高；战斗舰队则需根据舰船类型（护卫艇、驱逐舰、巡洋舰等）和子型号特性进行编组。组建新舰队需通过主界面行动指令-新建舰队完成，每支舰队需包含1名舰长和4名舰员，舰长职业类型将影响全队增益方向。
战斗舰队的编组需兼顾移动速度与火力配置。舰队的整体移动速度由最慢的舰船决定，因此高速护卫舰与低速战列舰不宜混编。主力舰队推荐采用能打能扛型前排（如奇美拉级、ST59）配合中后排高攻舰船（如永恒风暴级巡洋舰），前排数量建议不少于6艘以形成互相掩护机制。输出舰队则侧重高攻高速特性，优先选择移动速度800以上的护卫舰或驱逐舰，利用包夹战术无视敌方前排直接攻击中后排目标。增援指令可突破指挥值限制，但需注意增援后舰队将转为普通航行模式。
舰船强化与模块装配是提升战力的关键环节。每艘舰船的蓝图包含5-7个可改装配件系统，需根据舰船定位针对性强化。前排舰船优先提升护甲与闪避属性，中后排舰船侧重火力与命中率。技术点分配需谨慎，因技能点仅对单一舰船型号生效。防空型舰船建议单独编组或加入输出舰队，专门针对敌方航母单位；攻城类舰船可组成高速拆家队，用于突袭敌方后勤设施。维修舰船在游戏中后期效果有限，不建议占用主力编队位置。
计划圈管理与战略调度直接影响舰队作战效率。初始仅开放2个计划圈，需通过基地升级逐步增加。资源采集计划圈应优先覆盖高等级矿点，采矿平台可节省计划圈并提供10%-30%采集加成。战斗计划圈需配合战略地图观察敌方动向，白色区域为己方势力范围，橙色为其他玩家活动区域，红色则为海盗势力。舰队调动时可采用高速侦查舰先行+主力增援策略，利用增援继承最快速度的特性缩短行军时间。封锁任务可用于刷野怪获取经验，但需注意可能引发的敌对行为。
后期舰队组织需考虑同盟协同与攻城战术。攻打五级城市需提前调整势力关系，由高等级玩家开启集结点统一指挥。主力舰队配置应以巡洋舰、航母等大型舰船为核心，配备支援型舰船保障生存；护卫舰队负责清理低等级防卫队，采用造价较低的中小型舰船减少战损。攻城阶段需分工明确，先清除防卫舰队再集中火力攻击主城。占领后城市会重建防卫体系，玩家可驻扎舰队保护矿区资源。舰队撤退时建议使用工程局快速回城，避免暴露基地坐标。
