道馆挑战是口袋妖怪火红的核心玩法之一，成功击败八位道馆馆主并获得徽章是通往宝可梦联盟的必要条件。每个道馆都有独特的属性专精和战斗风格，石英市道馆专精岩石属性，华蓝市道馆使用水属性宝可梦，坂木市道馆以电属性为主，彩莲市道馆擅长草属性，宝石市道馆专注于毒属性，浅水城道馆主打超能力属性，红莲镇道馆依赖火属性，最后一个道馆则专精地面属性。针对不同道馆的属性特点，提前组建相克制的队伍是取胜关键。
岩石系道馆推荐使用草系或水系宝可梦如妙蛙种子或杰尼龟；水系道馆最佳选择是电系或草系宝可梦，皮卡丘和妙蛙种子表现突出；电系道馆地面属性宝可梦如穿山王能完全免疫电系攻击；草系道馆可用火系、飞行系或虫系宝可梦压制；毒系道馆适合使用地面系、超能力系或虫系宝可梦；超能力道馆需要幽灵系、虫系或恶系宝可梦应对；火系道馆水、岩石或地面属性效果显著；地面系道馆则用水、草或冰属性克制。合理利用属性相克能大幅降低战斗难度。
在1-2号道路之间进行初步的级别提升效率较高，利用地形优势挑战野生精灵和初级训练家。保持队伍多样性，尽量捕捉不同属性的宝可梦以应对各种挑战。关键技能如居合斩、闪光、冲浪等秘传技能需要提前获取，这些技能不仅能帮助探索，部分还能在战斗中发挥作用。道馆内部往往设有机关谜题，如枯叶市电系道馆需要调查垃圾桶找到开关，彩莲市道馆有复杂的熔岩流动机关，耐心观察规律是解开谜题的关键。
面对道馆馆主时需要特别注意其王牌宝可梦。金黄市超能力道馆的胡地等级高达43级，拥有极强的特殊攻击能力，必须用高爆发招式快速解决；红莲镇火系道馆的火焰鸟和火伊布组合威胁很大，需要准备水系强攻手；浅红市毒系道馆的臭臭泥会使用剧毒和缩小战术，携带解毒药和命中率高的招式很有必要。馆主战通常不允许使用道具，因此战前确保队伍状态良好，携带足够的能力提升药剂和技能PP恢复物品。
后期道馆难度显著提升，建议在挑战前将主力宝可梦等级提升至比馆主最高等级宝可梦高出3-5级。四大天王前的最后一个道馆——地面系道馆考验玩家综合实力，水君等水系传说宝可梦能发挥巨大作用。二周目道馆挑战中敌方宝可梦等级更高，技能搭配更完善，需要更精细的属性克制和战术安排。通过所有道馆后，系统会记录挑战数据，反复挑战已击败的道馆是后期练级和获取稀有道具的有效途径。
