要开启二周目内容，首先需要完成一周目的主线剧情，包括击败四大天王和冠军。通关后，大木博士会主动来到你家门口，若图鉴已收集超过60种宝可梦，他会将图鉴升级为全国图鉴模式。随后前往枯叶市码头乘船，使用彩虹通行证前往一之岛，这是解锁七岛探险的关键步骤。在一之岛的精灵中心与NPC对话，得知需要寻找红宝石修复通信机器，二周目的核心任务正式展开。
抵达一之岛后，向右冲浪进入光辉之路，穿过洞穴到达灯火山。山顶左侧的洞穴深处可捕捉火焰鸟，而山脚右侧会遭遇两名火箭队成员，击败他们后进入洞穴获取红宝石。将红宝石交给一之岛的NPC，他会要求你继续寻找蓝宝石，并给予彩虹通行证，允许自由往返七岛。接下来乘船前往四之岛，在右上角的冰洞内攀爬瀑布后，会遇见冰天王科拿与火箭队成员，击败火箭队后得知他们的下一个目标是五岛仓库。
前往五岛后，右侧的空地是火箭队仓库所在地，但需要密码才能进入。需转至六岛，通过标记森林或水之小径抵达绿色小径，在洞穴深处按特定顺序（左、右、下）掉落即可找到蓝宝石。然而蓝宝石会被火箭队成员抢走，同时获得仓库的第二道密码。返回五岛仓库，输入密码后击败内部的火箭队首领即可夺回蓝宝石。最后将蓝宝石带回一之岛交给NPC，七岛的全部功能将完全解锁。
完成七岛任务后，可返回关都地区探索新增内容。华蓝市原本被封锁的洞穴入口现已开放，冲浪进入后可挑战华蓝洞窟，深处栖息着70级的超梦。无人发电厂和双子岛分别藏有闪电鸟与急冻鸟，需利用冲浪和攀瀑技能抵达。二周目的核心目标在于收集神兽、完善图鉴，并通过训练师之塔等设施提升队伍实力，为后续挑战奠定基础。
整个二周目流程以探索七岛为主线，穿插火箭队残余势力的支线任务。玩家需灵活运用冲浪、攀瀑、碎岩等秘传技能，同时注意队伍等级与属性搭配。七岛地图的复杂性和隐藏要素较多，建议提前准备充足的道具和回复药品，以确保探索过程顺利进行。
