军团城市的成立是玩家从个体作战转向团队协作的关键转折点，但这一过程并非一帆风顺。首要挑战在于基础条件的达成，玩家需先加入一个军团并拥有至少两座普通城市，这要求前期资源积累与个人发展达到一定规模。许多新手因急于组建军团而忽略资源规划，导致城市数量不足或资源短缺，无法满足改建条件。改建所需的150钻石虽可通过任务获取，但非付费玩家往往需要更长时间筹备，期间可能因战场变动失去优势。
军团城市的核心功能是共享军备与资源，但协调成员间的贡献与分配成为另一大难题。指挥官需将普通城市改造为军团城市，而改造后的城市需依赖成员通过商业区持续投入资源。部分成员可能因个人发展优先或资源紧张而减少贡献，导致军备生产停滞。军团城市的军需部虽支持资源运输，但缺乏统一调度时易出现资源错配，例如前线急需弹药却被运往无关区域。这种协作效率问题常削弱军团整体战斗力。
地理位置的战略选择同样考验军团决策。理想的军团城市需靠近资源区以保障供给，同时避开敌对势力密集区域。高价值资源点往往争夺激烈，若选址不当，城市可能频繁遭受袭击，迫使军团消耗大量兵力防守。部分军团因过度追求资源而将城市建于危险地带，最终因防御压力过大导致成员活跃度下降。地形对补给线的影响也不容忽视，山地或河流可能延缓支援速度，进一步加剧防守压力。
军团内部的权限管理与战术协同是更深层的挑战。拥有指挥官权限的成员可操作军团城市，但权限分配不当可能引发误操作或内部矛盾。未经协商的成员擅自调动关键军备，可能打乱既定作战计划。战场中，军团需通过城市生产高级兵种并制定闪电战、航母偷袭等战术，但若指挥层级混乱，战术执行效率会大幅降低。部分军团因缺乏明确的指挥链，在联赛或大规模战役中错失战机。
赛季更迭时，军团需重新报名联赛并适应新规则，若成员流失或积极性不足，城市发展可能停滞。高级兵种的研究与生产依赖科技共享，但科技研发周期较长，部分成员因短期收益不明显而放弃投入。战场局势变化要求军团动态调整策略，例如从陆地攻坚转向海空协同，这种转型若未能及时完成，军团城市易被边缘化。
