神奇动物保护课程的核心玩法分为地精守卫战与鹰头马身兽挑战两类。地精关卡需保护南瓜免受三路地精侵袭，推荐使用纽特回响搭配群攻型召唤卡如澳洲蛋白眼幼龙、火螃蟹、把戏坊烟花盒，辅以毒液或闪电风暴等解场法术。鹰头马身兽为单体BOSS战，需携带高爆发咒语卡如索命咒或噬心咒，并利用召唤生物吸引仇恨。
地精关卡需注意精英地精的高额伤害与击退效果，建议巫师直接堵住刷怪口吸引仇恨，同时将驻场生物放置于侧翼输出。关键即时卡包括云雾飘渺用于遮蔽南瓜、统统加护抵挡群体伤害，以及白鲜香精维持团队血量。伙伴卡优先选择卡珊德拉提供AOE输出，丹尼尔负责治疗，洛蒂补充魔力。若遭遇小地精偷袭，可提前预判其行进路径使用火焰熊熊集中清理。
鹰头马身兽战斗中需规避其范围技能，开场迅速召唤低费生物牵制，同时保留高费咒语卡针对BOSS本体。该BOSS免疫控制效果，因此卡组需剔除冰冻咒等无效卡牌，转而携带神锋无影等高伤法术。卡珊德拉的站位应远离BOSS冲锋路径，必要时用统统加护保护其存活。战斗时长控制在120秒内可达成完美通关条件。
中级难度下需兼顾前后场防守，建议在开局1分30秒后撤回南瓜附近联防。飓风咒可替换为治疗卡应对持续压力，凤凰则作为紧急救援手段。完美通关需满足全员存活、南瓜无损等条件，因此队友需明确分工，优先处理精英怪与偷袭单位。若缺乏传说级卡牌，可用厉火或石墩出动替代凤凰与白龙。
课程整体难度取决于卡牌练度与团队配合，单人挑战时需更注重走位与技能节奏。地精关卡侧重持续清场能力，而鹰头马身兽考验爆发输出与生存管理。合理利用迷惑剂可使南瓜聚拢，简化防守动线。最终评分与奖励挂钩，但无需刻意追求完美成就，基础通关即可获取大部分资源。
